更新 'tasks/fusioncatcher.wdl'

/cromwell_root/${sample_id}

tasks/fusioncatcher.wdl

@@ -12,16 +12,16 @@ task fusioncatcher{
 	
         set -o pipefail
         set -e
-        mkdir -p ${sample_id}/input/
-        mkdir -p ${sample_id}/output/
-        cp ${fastq1} ${sample_id}/input/
-        cp ${fastq2} ${sample_id}/input/
+        mkdir -p /cromwell_root/${sample_id}/input/
+        mkdir -p /cromwell_root/${sample_id}/output/
+        cp ${fastq1} /cromwell_root/${sample_id}/input/
+        cp ${fastq2} /cromwell_root/${sample_id}/input/
 
         /software/fusioncatcher/bin/fusioncatcher \
             -d ${database_dir} \
             -p 4 \
-            --input ${sample_id}/input \
-            --output ${sample_id}/output
+            --input /cromwell_root/${sample_id}/input \
+            --output /cromwell_root/${sample_id}/output
 
     >>>
 	
@@ -33,10 +33,10 @@ task fusioncatcher{
     }
 
     output {
-        Array[File] fusioncatcher_result=glob("${sample_id}/output/*.txt")
-        Array[File] fusioncatcher_zip=glob("${sample_id}/output/*.zip")
-        Array[File] fusioncatcher_log=glob("${sample_id}/output/*.log")
-        Array[File] fusioncatcher_vcf=glob("${sample_id}/output/*.vcf")
+        Array[File] fusioncatcher_result=glob("/cromwell_root/${sample_id}/output/*.txt")
+        Array[File] fusioncatcher_zip=glob("/cromwell_root/${sample_id}/output/*.zip")
+        Array[File] fusioncatcher_log=glob("/cromwell_root/${sample_id}/output/*.log")
+        Array[File] fusioncatcher_vcf=glob("/cromwell_root/${sample_id}/output/*.vcf")
     }
 
 }