更新 'tasks/fusioncatcher.wdl'

input

tasks/fusioncatcher.wdl

@@ -12,16 +12,16 @@ task fusioncatcher{
 	
         set -o pipefail
         set -e
-        mkdir -p /cromwell_root/input/
-        mkdir -p /cromwell_root/output/
-        cp ${fastq1} /cromwell_root/input/
-        cp ${fastq2} /cromwell_root/input/
+        mkdir -p ./input/
+        mkdir -p ./output/
+        cp ${fastq1} ./input/
+        cp ${fastq2} ./input/
 
         /software/fusioncatcher/bin/fusioncatcher \
             -d ${database_dir} \
             -p 4 \
-            --input /cromwell_root/input \
-            --output /cromwell_root/output
+            --input ./input \
+            --output ./output
 
     >>>
 	
@@ -33,10 +33,10 @@ task fusioncatcher{
     }
 
     output {
-        Array[File] fusioncatcher_result=glob("/cromwell_root/output/*.txt")
-        Array[File] fusioncatcher_zip=glob("/cromwell_root/output/*.zip")
-        Array[File] fusioncatcher_log=glob("/cromwell_root/output/*.log")
-        Array[File] fusioncatcher_vcf=glob("/cromwell_root/output/*.vcf")
+        Array[File] fusioncatcher_result=glob("./output/*.txt")
+        Array[File] fusioncatcher_zip=glob("./output/*.zip")
+        Array[File] fusioncatcher_log=glob("./output/*.log")
+        Array[File] fusioncatcher_vcf=glob("./output/*.vcf")
     }
 
 }