ソースを参照

更新 'tasks/suppa2.wdl'

ISR
master
biochenglinliu 3年前
コミット
fb5b58960e
1個のファイルの変更1行の追加1行の削除
  1. +1
    -1
      tasks/suppa2.wdl

+ 1
- 1
tasks/suppa2.wdl ファイルの表示

@@ -15,7 +15,7 @@ task suppa2{
set -o pipefail
set -e

/software/salmon-1.5.2_linux_x86_64/bin/salmon quant -i ${salmon_index} -l A --gcBias -1 ${fastq1} -2 ${fastq2} -p 16 -o ./${sample_id}_salmon
/software/salmon-1.5.2_linux_x86_64/bin/salmon quant -i ${salmon_index} -l ISR --gcBias -1 ${fastq1} -2 ${fastq2} -p 16 -o ./${sample_id}_salmon
multipleFieldSelection.py -i ./${sample_id}_salmon/quant.sf -k 1 -f 4 -o ${sample_id}_iso_tpm.txt
sed 's@|ENSG.*|@@' ${sample_id}_iso_tpm.txt > ${sample_id}_iso_tpm_formatted.txt
suppa.py psiPerEvent -i ${suppa2_ioe} -e ${sample_id}_iso_tpm_formatted.txt -o ${sample_id}_events

読み込み中…
キャンセル
保存