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更新 'tasks/battenberg.wdl'

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samtools view -h -@ 16 -o ${normal_id}.sorted.deduped.sam ./${normal_id}.bam
samtools view -h -@ 16 -o ${sample_id}.sorted.deduped.sam ./${sample_id}.bam

sed -i 's/chr//g' ${normal_id}.sorted.deduped.sam
sed -i 's/chr//g' ${sample_id}.sorted.deduped.sam
#sed -i 's/chr//g' ${normal_id}.sorted.deduped.sam
#sed -i 's/chr//g' ${sample_id}.sorted.deduped.sam

samtools sort -@ 16 -o ${normal_id}.sorted.deduped.nochr.bam ${normal_id}.sorted.deduped.sam
samtools sort -@ 16 -o ${sample_id}.sorted.deduped.nochr.bam ${sample_id}.sorted.deduped.sam

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