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LogR(Log R Ratio)文件记录一个样本特定SNP的位置信息及该位点的Log R ratio,Log R ratio为某个SNP位点观测到的总intensity与intensity理论值的比值的log2转换,格式如下: LogR(Log R Ratio)文件记录一个样本特定SNP的位置信息及该位点的Log R ratio,Log R ratio为某个SNP位点观测到的总intensity与intensity理论值的比值的log2转换,格式如下:


``` ```
Chr Position sample_name
Chr Position sample_name
rs62635286 1 13116 0.2895 rs62635286 1 13116 0.2895
rs75454623 1 14930 -0.1381 rs75454623 1 14930 -0.1381
rs806731 1 30923 NA rs806731 1 30923 NA
BAF(B allele frequency)文件记录一个样本特定SNP的位置信息及该位点的B allele frequency,B allele frequency为某个SNP位点等位基因B与等位基因A标准化后的intensity的比值,格式如下: BAF(B allele frequency)文件记录一个样本特定SNP的位置信息及该位点的B allele frequency,B allele frequency为某个SNP位点等位基因B与等位基因A标准化后的intensity的比值,格式如下:


``` ```
Chr Position sample_name
Chr Position sample_name
rs62635286 1 13116 0.8 rs62635286 1 13116 0.8
rs75454623 1 14930 0.4211 rs75454623 1 14930 0.4211
rs806731 1 30923 0 rs806731 1 30923 0

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