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README.md

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+**Author：** HGBS
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+**E-mail：**16210700112@fudan.edu.cn
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+**Git:** http://choppy.3steps.cn/LiXiangNan/hrd_score.git
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+**Last Updates:** 23/01/2019
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+**Description**
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+> 本APP适用于乳腺癌WGS数据HRD score的计算，此APP需要以ascatNgs结果作为输入。
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+## App使用指南
+### 安装App
+
+```bash
+# 激活choppy环境
+source activate choppy-latest
+# 安装app
+choppy install LiXiangNan/hrd_score
+```
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+### 参数说明
+查看帮助文档：
+
+输入Rscript calculate_HRD.R --help
+
+```bash
+$ Rscript calculate_HRD.R --help
+Arguments:
+      --out_dir=out_directory             The output directory
+      --Tumor_LogR_file=tumor_LogR        The output tumor LogR file from ascatNgs
+      --Tumor_BAF_file=tumor_BAF          The output tumor BAF file from ascatNgs
+      --Germline_LogR_file=Normal_LogR    The output normal LogR file from ascatNgs
+      --Germline_BAF_file=Normal_BAF      The output normal BAF file from ascatNgs
+      --HRD_file_prefix=prefix            The name prefix of HRD score results
+      --help                              Print help information
+      
+       Except --help, The other parameters must be set in orders!
+```
+
+### 输入与输出：
+
+输入文件为ascatNgs输出的LogR及BAF文件，如:
+
+```bash
+*.tumour.LogR.txt	为tumor样本LogR文件
+*.normal.LogR.txt	为normal样本LogR文件
+*.tumour.BAF.txt	为tumor样本BAF文件
+*.normal.BAF.txt	为normal样本BAF文件
+```
+
+输出文件后缀为.txt文件：
+
+```bash
+prefix.txt	prfix为指定的输出文件名前缀
+```
+
+### 提交任务
+```bash
+choppy Rscript calculate_HRD.R --out_dir=out_directory --Tumor_LogR_file=tumor_LogR \
+--Tumor_BAF_file=tumor_BAF --Tumor_BAF_file=tumor_BAF --Germline_BAF_file=Normal_BAF \
+--Germline_BAF_file=Normal_BAF
+```
+
+## 更多使用信息
+详见[Choppy使用说明](http://docs.3steps.cn))