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LUYAO REN 918d603642 read2 4 months ago
pictures first commit 4 months ago
tasks read2 4 months ago
README.md first commit 4 months ago
fastq_screen.conf first commit 4 months ago
inputSamplesFileExamples.tsv first commit 4 months ago
inputs first commit 4 months ago
workflow.wdl first commit 4 months ago

README.md

原始数据和比对数据的质量控制

Author:Ren Luyao

Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_QC.git

Email: 18110700050@fudan.edu.cn

Date: 2020/02/09

APP概述

本APP包含了原始数据质量控制软件FastQC和FastqScreen和比对质量控制软件Qualimap,以及对多样本数据结果整合的multiqc。

APP输入

本APP只有一个输入即inputSamplesFile,包含了需要计算样本的fastq read1,bam和bam的index。

这个文件是一个txt,tab分隔,第一列是read1的阿里云地址,第二列是bam,第三列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv,注意:#read1 #bam #bai这一行要删掉

#read1	#bam	#bai

将准备好的inputSamplesFile文件上传至阿里云。

choppy samples文件中就填inputSamplesFile在阿里云上的地址。

# 1. 启动choppy
source activate choppy
# 2. 安装APP
choppy install renluyao/RNAseq_QC
# 3. 获得choppy samples的csv文件
choppy samples RNAseq_QC-latest --output RNAseq_qc_samples
# 4. 编辑samples文件
# samples_id,inputSamplesFile
# samples_id是choppy对workflow的编号,写阿拉伯数字就行
# 即
# 1,inputSamplesFile的阿里云地址
# 5. 提交任务
choppy batch RNAseq_QC-latest --project-name <project_name>
# 6. 查询任务
choppy query -s <workflow_id>
choppy query -s <workflow_id> -m

APP输出结果

所有的结果都会整合进multiqc。从阿里云上下载multiqc模块的输出

  1. multiqc.html
  2. glob_一大串数字的文件夹

下载上述文件,将glob_一大串数字的文件夹名称改成multiqc,双击multiqc.html在浏览器中打开就能查看结果了。

如果需要各模块详细的结果,可下载对应结果。