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readme.md

Author :Jun Shang

E-mail:18210700119@fudan.edu.cn

Git: http://choppy.3steps.cn/lizhihui/fastqc.git

Last Updates: 28/08/2019

简介

FastQC 是一款常用的二代测序数据质量评估软件,该软件使用 Java 编写,可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。并最终生成一份评估报告,包含多项内容,如测序 reads 碱基质量、GC 含量、reads 长度、k-mer 分布等信息,以便我们快速得知测序数据质量。fastqc是用于 Choppy-pipe 系统使用的 APP。

快速安装及使用

Requirements

在终端中输入以下命令即可快速安装本 APP。

1.安装
$ source activate choppy-py3
$ choppy install lizhihui/fastqc
$ choppy apps
2.使用
$ choppy samples fastqc-latest --out Projectname_fastqc_date_people.csv
$ choppy batch fastqc-latest Projectname_fastqc_date_people.csv --project-name Projectname_fastqc_date_people

使用方法

任务的准备

按照上述步骤安装成功之后,可以通过下面简单的命令即可使用 APP:

# Generate samples file
$ choppy samples fastqc-latest --out Projectname_fastqc_date_people.csv

Projectname_fastqc_date_people.csv 包含以下几个需要填写的参数:

  • 文件中必须包含的列为:
    • sample_id:样本名称,该名称将自动作为生成结果文件的前缀名
    • read1:原始 FASTQ 文件所在的 OSS 路径(仅 R1)
    • read2:原始 FASTQ 文件所在的 OSS 路径(仅 R2)
read1,read2,sample_id
# read1  		双端测序数据的R1端在阿里云上的路径信息
# read2  		双端测序数据的R2端在阿里云上的路径信息
# sample_id		每个样本任务的识别码。注意:同一个samples文件中,不同样本的ID应该不同

任务提交

在配置好Projectname_fastqc_date_people.csv 文件后,使用以下命令可以提交计算任务:

$ choppy batch fastqc-latest Projectname_fastqc_date_people.csv --project-name Projectname_fastqc_date_people

提交成功后,即可在工作目录下找到生成的目录名为 Projectname_fastqc_date_people,里面包含了本次提交任务的二代数据质量评估结果。

任务输出

任务成功结束后,便可以在阿里云相应的 OSS 端生成相应的结果文件。包括二代数据质量评估结果的htmlzip文件。

APP 流程概述

​ FastQC 软件使用 Java 编写,可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。并最终生成一份评估报告,包含多项内容,如测序 reads 碱基质量、GC 含量、reads 长度、k-mer 分布等信息,以便我们快速得知测序数据质量。

输出文件说明

运行 APP 后,

每个 sample 对应一个文件夹,内部结构如下:

  • call-fastq_screen - shard-0 - _R1_fastqc.html
    • _R1_fastqc.zip - shard-1 - _R2_fastqc.html - _R2_fastqc.zip

软件版本及参数

软件版本

fastqc: v0.11.5

使用参数

1.disk_size: 150

2.cluster_config: OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc

参考文献

[1]FastQ Screen: A tool for multi-genome mapping and quality control [2]http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/