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ISCAP 9831f4bc36 修改input文件中的docker和workDir 1 year ago
Docker 修改input文件中的docker和workDir 1 year ago
assets add README 1 year ago
tasks 修改input文件中的docker和workDir 1 year ago
README.md add README 1 year ago
cn.mops.R update 1 year ago
inputs 修改input文件中的docker和workDir 1 year ago
workflow.wdl 修改input文件中的docker和workDir 1 year ago

README.md

** Author:** Zhang Jiyang

E-mail:1611070062@fudan.edu.cn

Git: http://choppy.3steps.cn/jiyangz/cnv

Last Updates: 23/1/2019

Description

本 APP 所构建的是用于二代测序拷贝数变异分析。使用的软件是cn.mopsMixture of Poissons for CNV detection in NGS data 。本流程构建所使用的方法是基于流程语言WDL 并将其封装为Choppy平台上的APP进行使用。输入文件如下:

  1. Tumor:通常为Tumor样本的bam文件;

  2. Normal:通常为Normal样本的bam文件;

  3. TumorSampleID:通常为Tumor样本的ID

  4. bed_file: 通常为bed文件 (tab分割),示例格式如下图:

1548237019041

  1. workDir:通常为bam文件存放目录;

  2. outputDir:通常为结果输出目录。

App使用指南

安装App

# 激活choppy环境
source activate choppy-latest
# 安装app
choppy install jiyangz/cnv:<version>

准备samples文件

sample.csv 文件为提交任务时使用的输入文件,其内容是根据input文件中定义的信息对应生成的,也可使用 Choppysamples 功能生成:

choppy samples cnv --output samples.csv
#### samples.csv
read1,read2,regions,sample_name,cluster,disk_size,sample_id

其中sample_id对应于所分析样本的索引号,用于生成当前样本提交时的任务信息,应注意不要包含_,否则会出现报错。

提交任务

choppy batch cnv samples.csv --project-name your_project

更多使用信息

详见Choppy使用说明)